1958年，蒙納士大學由澳洲聯邦政府透過議會法案宣布成立，以工程師、軍人及政治家約翰·莫納什爵士命名。 蒙納士大學是維多利亞州成立100多年以來的第一所大學，其第一批學生於1961年進入克萊頓（Clayton）校區開始學習。

蒙納士大學的早期願景是建立一所以研究為核心的高等教育機構，重點在於科技學科。 然而，蒙納士大學的發展很快就超過了原本的預期，它並沒有按照傳統和慣例，而是在第一次招生後的短短幾年內，便開始提供藝術、經濟、教育、工程 、法律、醫學、政治和科學的課程。

革新、行動力

除了卓越的科學研究，蒙納士大學一直秉持著鼓勵創造、革新和行動力的文化。

在1970年代，蒙納士大學克萊頓校園成為了澳洲大學生的抗議中心，這種挑戰現狀的哲學逐漸滲透到了大學。 抗議中心曾以越戰和第二波女性主義為主題的辯論吸引著澳洲活動家們的注意力，而今天則是以全球貧困和永續發展等諸多議題依然活躍在世界的舞台。 然而，蒙納士大學的領導地位不僅限於競選和宣傳，而是憑藉著充滿活力的思想碰撞，成為了新一代澳洲高等學府的典範。

國內發展

蒙納士大學很快就從一所專注於科學和技術領域的大學成長為一所綜合型高等學府，並在墨爾本增設了6個校區。

1990年，蒙納士大學與奇澤姆研究所（Chisholm Institute）合併，並增設考菲爾德（Caufield）和半島（Peninsula）兩大校區。

學生在克萊頓校園的管理中心進行抗議活動

1990年，吉普斯蘭（Gippsland）校區併入蒙納士大學。

1991年，蒙納士大學與維多利亞藥學院（Victorian College of Pharmacy）建立了合作夥伴關係，進而增設帕克維爾（Parkville）校區。

1994年，蒙納士大學於墨爾本東南部建立了伯威克校區。

2014年，巴拉瑞特大學和蒙納士大學吉普斯蘭（Gippsland）校區正式合併為澳洲聯邦大學。

1970年代的Menzies大樓（蒙納士大學校園）

2017年，伯威克校區成為澳洲聯邦大學的一部分。 

蒙納士大學法學院則位於墨爾本中央商務區的Law Chambers法律教學大樓，毗鄰多間法院。 [5]除此之外，墨爾本最大的醫療中心—阿爾弗萊德醫院（Alfred Hospital）與蒙納士大學有長期合作關係。

阿爾弗萊德醫院是蒙納士大學的附屬醫院，也是其醫學院所在地，即阿爾弗萊德（Alfred）校區。

位於蒙納士大學克萊頓校區的教學大樓

國際擴張

1998年，馬來西亞教育部邀請蒙納士大學與雙威集團（Sunway）合作在馬來西亞建立校園。 同年，馬來西亞蒙納士大學成立。 該校區是蒙納士大學在亞洲建立的第一個校區，也是馬來西亞第一所「外國」大學。 蒙納士大學的第二個海外校區於2001年在南非成立。 蒙納士大學南非校區並非作為完整的研究型大學運營，但仍具備開設大學課程和發放文憑的資格。

2019年，南非校區被出售給The Independent Institute of Education（簡稱IIE），不再頒發蒙納士大學學位。 [6]除此之外，蒙納士大學還在中國蘇州及深圳[7]、義大利普拉托及印度孟買等地建有研究院。