東方大學的歷史始於 1946 年 9 月，在馬尼拉 Dasmariñas 街的一間出租屋內，110 名學生就讀於註冊會計師 (CPA) 複習班。由 Francisco T. Dalupan, Sr.博士領導的商業教師小組開始了這些課程，他們的目標是幫助這個仍在戰爭中掙扎的國家。在 110 名學生中，有 4 人在 1947 年註冊會計師委員會考試中名列前茅。

1946 年 9 月 11 日，五位教育家——Francisco T. Dalupan Sr. 博士、Hermengildo B. Reyes 博士、JoséL. Torres、Enid Mapa 和 Santiago de la Cruz——成立了菲律賓商業和工商管理學院 (PCCBA) )。 1947 年夏天，PCCBA 招收了 350 名學生。 1948 年，更多的學生入學，並組織了更多的學術單位，PCCBA 搬到了現在的 UE 主校區，位於 2219 Claro M. Recto Avenue。

PCCBA 校友在政府的會計考試中表現出色。由於這一成功，政府授予 PCCBA 建立其他學院的許可，從而建立了文學院、工商管理學院、牙科學院和工商管理研究生院。 PCCBA 於 1951 年 7 月 4 日獲得大學地位，並更名為東方大學。 Dalupan 成為 UE 的第一任總裁兼董事會主席。董事會的第一批成員是商人、學者、菲律賓大學前副校長 Hermenegildo Balbino Reyes 博士；Santiago F. de la Cruz 註冊會計師和商業主管，前財政部長 Jaime Hernández。隨後幾年，法學院、醫學學院和工程學院以及教育研究生院相繼成立。研究生院後來與工商管理研究生院合併。

1954 年 6 月，UE 在 Caloocan 的 Samson 路沿線的 4.86 公頃土地上開設了一個新校區，稱為 UETech。 UE Caloocan 現在在學術上是自治的，由校長領導。新的陳仁基學術大樓設有文理學院、工商管理學院和美術學院，而工程學院則擁有自己的大樓。 UE Caloocan 場地自 1986 年以來一直用於ROTC 和 CAT 教學。